文章标题：肠道代谢谱的时空基因组分析揭示胃癌发展中的克隆动态

发布时间：2023年第12期

期刊名称：Cancer Cell

影响因子：5.03

实验平台：单细胞测序，GeoMx DSP，全外显子测序（WES），大规模RNA测序

面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他胃、食道和结直肠癌相关研究中的突变基因）

01 样本信息

本研究涉及2,980名年龄在50岁及以上的中国患者，时间跨度为2004年至2015年，样本采集自多个胃区域，包括幽门、胃体和贲门。

02 单细胞空间组学的应用

通过对10名非癌症受试者的单细胞RNA测序（scRNA-seq），识别出四个主要细胞系：胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群以及基质细胞群。重点对胃和肠的谱系进行亚群注释，得出了2种胃细胞和4种肠细胞。细胞比例分析表明，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道代谢改变的严重程度相关。同时，细胞特征中显示SOX9在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中高表达，进一步提示其在肠道代谢过程中可能发挥重要作用。

GeoMx DSP技术的应用选用8例胃癌患者的组织切片进行检测，并结合scRNA-seq数据分析细胞类型的空间分布。研究结果表明，每个肠道代谢区域被标记为“干细胞富集”或“肠细胞富集”。通过富集基因组分析，干细胞富集区域表现出过表达氧化磷酸化基因集，这些基因在胃癌组织中也显著表达。通过肠道干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类分析，发现干细胞富集的代谢区域与胃癌表现出相似的基因表达特征，而以肠细胞为主的代谢区域与胃癌存在明显的异质性，这意味着即使在同一患者的不同区域，其代谢表现也展示了显著的变化。

文章总结

本研究通过结合单细胞空间组学分析，明确了肠道细胞、胃细胞与代谢严重程度之间的关系，并揭示干细胞显性代谢区域与恶性细胞群具有相似的表达特征。值得注意的是，特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中SOX9的高表达意味着其在肠道代谢及胃癌进展中可能具有重要生物医学意义。

在这一领域，尊龙凯时致力于推动生物医疗的前沿研究，以期为胃癌及相关疾病的诊断和治疗提供新思路。